Sektor Peternakan di Kabupaten Raja Ampat cukup potensial untuk dikembangkan serta sangat menjanjikan baik bagi konsumsi lokal maupun untuk pasar regional, domestik dan ekport. Hingga saat ini pengelolaan sektor peternakan oleh peternak lokal masih belum optimal disebabkan keterbatasan prasarana yang dimiliki serta pengetahuan pengelolaan ternak yang sangat minim. Selama ini penegelolaan sektor peternakan masih sederhaana. Hasil produksi sektor ini sebagian besar hanya untuk konsumsi lokal dan belum berorientasi pasar. Adapun jumlah populasi ternak di Kabupaten Raja Ampat di antaranya

Ternak Sapi sebanyak 224 ekor di Kabupaten Raja Ampat, banyak di hasilkan di Distrik Misool Timur sebanyak 77 ekor, 53 ekor di Distrik Salawati Utara. Ternak Kambing sebanyak 406 ekor, dengan hasil terbanyak berada pada Distrik Waigeo Selatan sebanyak 152 ekor, dan 75 ekor pada Distrik Misool. Ternak Babi sebanyakn 189 ekor dihasilkan dari Distrik Kofiau