Sektor Peternakan di Kabupaten Manokwari cukup potensial untuk dikembangkan serta sangat menjanjikan baik bagi konsumsi lokal maupun untuk pasar regional, domestik dan eksport. Hingga saat ini pengelolaan sektor peternakan oleh peternak lokal masih belum optimal disebabkan keterbatasan prasarana yang dimiliki serta pengetahuan pengelolaan ternak yang sangat minim. Selama ini, pengelolaan sektor peternakan masih menggunakan pola tradisional dengan pemberian pakan serta sistem pemeliharaan dan perawatan ternak yang masih sederhana. Hasil produksi sektor ini sebagian besar hanya untuk konsumsi lokal dan belum berorientasi pasar. Produsi sektor peternakan mencakup berbagai jenis seperti:  Sapi, babi, rusa, kambing, ayam, itik, dan telur. Adapun jumlah populasi ternak di Kabupaten Manokwari  di antaranya:

Pada sektor peternakan Ternak Sapi banyak terdapat di Distrik Prafi 4.557 ekor, dan 3.985 di Distrik Oransbari. Pada sektor peternakan Ternak Sapi banyak terdapat di Distrik Prafi 4.557 ekor, dan 3.985 di Distrik Oransbari. Sampai dengan bulan Pebruari tahun 2012, data yang terhimpun dari Dinas Peternakan Provinsi Papua Barat total populasi sapi potong di Manokwari berjumlah 16.802 ekor

Ternak itik dan entok banyak dihasilkan di Distrik Masni ternak itik sebanyak 16.286 ekor dan entok sebanyak 9.916 ekor.

Ternak Babi sebanyak 14.322 ekor dengan hasil terbanyak dari Distrik Warmare yaitu 1.179 ekor.

Ayam potong  rata-rata 30.000 s/d 40.000 ekor perbulannya

Ayam kampung sebanyak 127.710 ekor. Terbanyak di hasilkan dari Distrik Prafi yaitu 17.674 ekor.