Sektor perindustrian di Kabupaten Fakfak terfokus pada industri pengolahan yang terdiri dari industri sedang, industri kecil dan kerajinan rumah tangga. Industri di Kabupaten Fakfak yang kelihatan terkonsentrasi pada kegiatan yang mengelola potensi sumber daya alam yang ada di sekeliling penduduk misalnya industry pembuatan genteng atap rumah dan batu bata di Bomberay, Industri pengolahan ikan di Distrik Kokas, Industri Pala di Distrik Fakfak dan Teluk Patipi, serta industri kerajinan rumah tangga berupa anyam-anyaman di Teluk Patipi dan Kokas.

Industri yang paling menonjol adalah Industri dalam Mengelola Buah Pala dengan berbagai produk unggulan mulai dari produk jamu, produk bumbu dapur, produk makanan dan minuman hingga produk yang dikemas menjadi oleh-oleh khas Fakfak. Secara keseluruhan industry Pala sudah sangat terkenal sehingga Kabupaten Fakfak sering di sebut sebagai KOTA PALA karena memiliki produksi tanaman pala yang telah dieksport sampai pada skala internasional sebagai tanaman bahan rempah-rempah baik ke negeri China, Eropa, dan Negara Amerika.